Rapport de stage 2ème année dut informatique








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Rapport de stage 2ème année

DUT informatique

Du 7 Novembre 2011 au 13 Janvier 2012.
Stagiaire – Baptiste Bouchereau

Responsable pédagogique - Michael Mrissa

Maître de stage : Lucile Alteyrac


Mise en place d’un outil d’e-notebook

pour les laboratoires du CIRC

Centre International de Recherche sur le Cancer

150 Cours Albert Thomas

69372 Lyon Cedex 08


IUT Université Claude Bernard - Lyon 1

Département informatique

43 Boulevard du 11 Novembre 1918

69622 VILLEURBANNE CEDEX

Tél : 04-72-69-21-90


Remerciements



Je tiens à remercier dans un premier temps, toute l’équipe pédagogique du département informatique de l’IUT Lyon 1.
Je remercie également Monsieur Mrissa pour les efforts qu’il a faits pour me suivre durant ce stage.
Je tiens à remercier plus particulièrement les personnes suivantes, pour l’expérience enrichissante qu’elles m’ont offerte au sein du CIRC, et l’intérêt qu’elles ont manifesté à mon égard.
Lucile Alteyrac, ma tutrice, pour m’avoir intégré rapidement au sein de l’entreprise et m’avoir accordé sa confiance ; pour le temps qu’elle m’a consacré tout au long de cette période.
Philippe Boutarin, pour son aide précieuse dans tout ce qui concerne WordPress, ainsi que toute l’équipe ITS pour leur accueil et leur énergie.
Catherine Voegele et Nivonirina Robinot, pour leur enthousiasme, leur disponibilité et leurs bonnes remarques, ainsi que l’ensemble des groupes GCS et LSB.
« Les travaux dont il est question dans le présent document ont été exécutés durant un stage de formation effectué au Centre international de Recherche sur le Cancer. »
Fiche technique
L’entreprise : Le Centre International de Recherche sur le Cancer (CIRC) fait partie de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) qui est une institution spécialisée des Nations Unies (UN). La mission du CIRC consiste à coordonner et à mener des recherches sur les causes du cancer chez l’homme et sur les mécanismes de la cancérogenèse, ainsi qu’à élaborer des stratégies scientifiques de lutte contre le cancer. Le Centre participe à des recherches épidémiologiques et expérimentales, et assure la diffusion de l’information scientifique au moyen de publications, de conférences, de cours, et de bourses d’études.
Intitulé du sujet : Réalisation d’un cahier de laboratoire électronique capable de remplacer les cahiers papiers actuels utilisés par les personnels de laboratoire, dans le but d’améliorer la lecture, les recherches et les échanges d’information entre chercheurs et techniciens.
Personnel : L’entreprise possède un service informatique comprenant 6 personnes.
Conditions de travail : Je travaillais seul sur mon projet, dans mon propre bureau. En cas de besoin, je pouvais m’adresser à Lucile Alteyrac ou Philippe Boutarin et à Catherine Voegele pour les spécifications. J’ai également eu de nombreux échanges avec les utilisateurs, à la fois par l’intermédiaire de réunions organisées avec les groupes de travail, et individuellement lorsque les utilisateurs avaient des questions.
Environnement technique matériel et logiciel: Chaque membre du service informatique possède son propre ordinateur de travail. La réalisation du cahier de laboratoire électronique à été effectuée sur le CMS WordPress et un outil de transfert de données HTML a été développé en Java. J’ai aussi eu l’occasion de travailler sur du PHP et du JavaScript.
Ce rapport a été écrit au cours des deux dernières semaines de mon stage, en parallèle avec les tâches de finalisation du projet.

Sommaire



Remerciements 2

I) Présentation de l’entreprise 7

1) Généralités 7

2) Localisation 7

3) Environnement humain 8

4) Environnement technique 10

II) Le projet 11

1) Conception de l’ELN 11

1.1) Réalisation d’un cahier des charges. 11

1.2) Recherche de l’existant 13

2) Développement de l’ELN 13

2.1) Outils et méthodes de travail 14

a) Qu’est-ce que WordPress? 14

b) Autres outils 16

c) Méthode de travail 17

2.2) Développement 18

a) Configuration initiale de WordPress 18

b) Gestion des droits des utilisateurs 18

c) Sécurisation du blog 22

d) Mise en place d’une page ‘home’ statique 24

e) Installation du thème 24

f) Installation du menu 25

g) Les sidebars 25

h) Editeur de post 29

i) Modification du type de liens 30

j) Autres Plugins 30

2.3) Rendu 34

38

3) Réalisation d’une application Java pour migrer des données HTML 39

3.1) Conception 39

3.2) Développement 39

a) Outils et méthodes de travail 39

b) Architecture du programme 40

3.3) Utilisation 40

a) Formatage des fichiers 40

b) Configuration du plugin HTML Import 41

c) Migration des données 42

4) Administration de l’ELN 43

III) Bilan 44

1) Bilan technique 44

2) Bilan humain 44

3) Bilan professionnel 45

4) Rapport iut (apprentissage) / entreprise 45

Conclusion 46

Références 47

ANNEXE 1 – Recherche sur les ELN 49

ANNEXE 2 - Plugins 52

ANNEXE 3 – Image du header 57

ANNEXE 4 – Tri de la table of content 58

ANNEXE 5 – Résolution du problème du plugin « post notification » 59

ANNEXE 6 – Création de boutons pour CKeditor 61

ANNEXE 7 – Programme Java 63

Introduction
Etudiant en fin de 2ème année de DUT informatique à l’IUT Lyon 1, j’ai eu à effectuer un stage en entreprise de fin d’étude d’une durée de 10 semaines.
Pendant les 3 premiers semestres à l’IUT, j’ai archivé les offres de stages reçues à l’attention de l’IUT de la part d’entreprises diverses. Début septembre, après avoir sélectionné les stages qui m’intéressaient le plus, j’ai envoyé une dizaine d’e-mails en demandant si les offres étaient toujours valables, et si oui, en proposant ma candidature. Lorsqu’une réponse fut envoyée par le CIRC, j’ai tout de suite accepté la proposition d’entretien car l’intitulé du stage me plaisait particulièrement. Ce centre de recherche a ensuite retenu ma candidature, et j’ai décidé de saisir cette opportunité.
C’est donc à Lyon que j’ai effectué mon stage, avec pour mission de réaliser un cahier de laboratoire électronique (ou ELN pour Electronic Laboratory Notebook en anglais) utilisable dans différents groupes de recherche du Centre.
Le rapport que vous lisez présente donc le déroulement de mon stage. Il s’articule en trois parties.

Je l’entamerai par une présentation du CIRC, ainsi que l’environnement technique et humain dans lequel je travaillais.

Ensuite, je détaillerai le projet qui m’a été confié : les parties de conception, de développement et d’administration.

Enfin, j’essaierai d’expliquer tout ce que j’ai retiré de cette expérience à travers un bilan technique, humain, et professionnel.
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